Thomas Tsugi SJ, lahir di Sonogi, Omura - Nagasaki, dari sebuah keluarga bangsawan Jepang. Ia menerima pendidikan awal dari sekolah Misi Jesuit di Arima dan masuk novisiat Jesuit pada bulan Januari 1589. Dia ditahbiskan menjadi seorang imam di kota Nagasaki kira-kira pada tahun 1613.

Romo Thomas kemudian menjadi seorang pengkhotbah yang luar biasa dan terkenal di seluruh wilayah selatan Jepang.  Wataknya yang tegas dan keras membuat ia sempat dipindahkan ke Hakata setelah ia secara terang-terangan mengutuk perilaku bejat dari beberapa orang Kristen Jepang. Sementara melayani umat di Hakata, pemerintah Jepang mengeluarkan dekrit  yang memerintahkan pengusiran terhadap semua imam Katolik yang berada di wilayah Jepang.  Romo Tsugi awalnya tidak bersedia meninggalkan umatnya sendirian tanpa pelayanan; namun demi ketaatan pada perintah superiornya,  ia bersama delapan puluh imam lainnya berangkat ke Macau dan tinggal di sana selama empat tahun.

Pada bulan Agustus 1618,  Romo Tsugi kembali ke Jepang dengan menyamar sebagai seorang pedagang, dan melanjutkan pelayan imamatnya secara diam-diam.  Bila para misionaris Jesuit dari Eropa yang berkulit putih harus bersembunyi pada siang hari dan baru bisa melayani umat pada malam hari;  Romo Tsugi dapat bekerja pada siang maupun malam hari.  Ia sering mengunjungi umatnya dengan menyamar, kadang-kadang sebagai seorang  pria Jepang  yang makmur, kadang  sebagai seorang tukang, dan kadang-kadang  juga sebagai seorang pedagang keliling.  Penyamaran favoritnya adalah sebagai seorang penjual kayu yang bisa mengetuk pintu-pintu rumah umat Kristen tanpa dicurigai.

Selama bertahun – tahun  Thomas Tsugi tetap melayani umatnya dengan sembunyi-sembunyi. Ia  selalu saja dapat meloloskan diri saat ia akan ditangkap. Pada tahun 1626, romo Tsugi ditugaskan ke Nagasaki untuk melayani umat disana sudah lama tidak pernah menerima pelayanan iman. Disinilah ia tertangkap.

Di Nagasaki, Thomas tinggal  di rumah seorang Kristen Jepang yang saleh bernama Louis Maki dan anaknya Yohanes Maki.  Pada pagi hari tanggal 21 Juli 1626,  hanya beberapa saat setelah merayakan Misa,  rumah itu diserbu oleh tentara dan mereka bertiga ditangkap.  Dihadapan pengadilan, ketika hakim bertanya tentang siapa dirinya, dengan gagah Romo Tsugi menjawab;  : "Selama bertahun-tahun orang-orang  jepang telah mengenal Thomas Tsugi, seorang imam dari Serikat Yesus, dan telah mendengar kotbahnya tentang iman Kristiani.  Sayalah Thomas Tsugi,  dan saya bersedia memberikan hidup saya dan siap bersaksi dengan darah saya bagi kebenaran iman yang saya wartakan".  Hakim kemudian menyatakan ia bersalah dan dipenjarakan di penjara Omura.  Louis Maki dan anaknya Yohanes Maki juga dipenjara dengan tuduhan bersekongkol untuk menyembunyikan dan memberi perlindungan kepada seorang imam Katolik.

Saat di penjara, Romo Thomas harus menanggung kunjungan keluarganya yang tak henti-hentinya meminta dia untuk murtad dan menyangkal imannya, agar dapat tetap hidup dan tidak membawa malu atas mereka.  Namun Romo Thomas  menjawab : "Keinginan kalian adalah salah, bahkan jika kalian menawarkan kekuasaan atas seribu orang Jepang, atau atas seluruh dunia kepada saya, saya tetap tidak akan melakukannya." 

Setelah tiga belas bulan meringkuk dalam penjara, pada bulan September 1627, romo Thomas Tuji bersama Louis Maki dan Yohanes Maki dibawa ke Nagasaki untuk dihukuman mati

Pada tanggal 7 September 1627 mereka dibawa ke tempat hukuman mati. Dengan semangat iman yang membara dan keperwiraan, romo Thomas bersama dua orang rekannya menaiki timbunan kayu yang telah disulut api. Kepada ribuan orang yang datang untuk penyaksikan pembunuhan atas mereka, Thomas memberi wejangan iman mengenal Yesus Kristus. Banyak orang mencucurkan air matanya karena terharu mendengarkan kotbahnya.  Mereka menyaksikan bagaimana Thomas meninggal dengan cara yang ajaib. Sekonyong – konyong dari dada Thomas memancarlah api yang menyala – nyala dan bersinar ke angkasa. Nyala api itu adalah jiwanya yang melayang masuk ke dalam kemuliaan surgawi.

Banyak saksi menyatakan (Kesaksian mereka telah dibuktikan), bahwa beberapa saat sebelum kematiannya,  dada romo Thomas terbelah dan dari dalam dadanya memancar api yang bernyala-nyala naik  tinggi ke angkasa sampai hilang dari pandangan mata. Mereka percaya bahwa nyala api itu adalah jiwanya yang melayang masuk ke dalam kemuliaan surgawi.

Romo Thomas Tsugi,  Louis Maki dan Yohanes Maki yang dibeatifikasi oleh Paus Pius IX bersama dengan martir Jepang lainnya pada tanggal 7 Mei 1867.  Biara Jesuit memperingati kemartiran romo Thomas Tsugi pada setiap tanggal 4 Februari.