Tidak lama kemudian, ia mengalami banyak penderitaan dan kesengsaraan, karena ketegasannya menolak membawa kurban, menurut tata cara kafir. Kepada penguasa yang menyuruhnya membawa kurban berhala itu, ia menjawab:

"Saya hanya membawa kurban kepada Tuhanku, yang telah mengurbankan DiriNya demi keselamatanku dan keselamatan seluruh umat manusia".

Pada saat itu, hakim bertanya kepadanya:  "Apakah pekerjaanmu hai anak muda?".

Petrus dengan berani menjawab "Saya seorang Kristen. Tak ada martabat yang lebih mulia daripada martabat seorang murid Kristus."

Jawabannya itu menyeretnya ke dalam penderitaan yang sangat mengerikan. Ia disesah dan disiksa dengan berbagai cara yang kejam agar ia bisa menyangkal imannya. Pada puncak penderitaannya, ia berseru dengan suara nyaring, "Apakah yang akan kuberikan kepada Tuhan, karena Ia sudah menganugerahkan kepadaku semua yang kubutuhkan untuk hidupku? Saya dengan senang hati akan meminum piala penderitaan ini serta memanggil nama Tuhanku."

Banyak orang yang menyaksikan penyiksaan atas dirinya terharu, namun ia sendiri menghibur mereka dan mengatakan kepada mereka bahwa penderitaannya itu belum seberapa beratnya bila dibandingkan dengan penderitaan Yesus.

Hukuman yang diberikan kepadanya berbunyi sebagai berikut: "Petrus Balsamus karena tidak mau menaati perintah Kaisar yang tak terkalahkan, serta dengan gigih membela ajaran seorang pemuda yang sudah dihukum mati di atas Salib, maka ia juga harus disalibkan".

Mendengar bunyi hukuman itu, Petrus dengan senang menjawab, "Engkau telah memberikan kepadaku apa yang dirindukan jiwaku selama ini, yaitu mati demi Kristus, Tuhanku".